故事發生在第壹部的四年之後，此時特警K（湯姆?李?瓊斯 飾）已經退休，成為壹名普通的郵局局長，而J（威爾?史密斯 飾）則繼續從事MIB的工作。 

　　卡洛瑟星邪惡女王蛇蓮娜來到地球需找宇宙能量“薩塔之星”，占領了MIB的總部。而當年逃亡到地球的薩塔公主蘿娜曾請求MIB把 “薩塔之星”藏在地球，全面負責這件事情的K為了地球的安全，拒絕了她。 

　　面對來勢洶洶的蛇蓮娜，MIB派J去尋找k，調查當年事件的真相，怎樣說服失去記憶的K相信外星人的存在，成了J面臨的第壹個難題……