又一個暑假到來，大雄、靜香、胖虎和小夫組成一個小組，共同進行海洋研究。在圖書館查資料時，大雄被《金銀島》的精彩故事所吸引，竟突發奇想打算出海尋找寶藏。適值此時，南太平洋海域傳來發現寶藏的消息，哆啦A夢經不住大雄的軟磨硬泡，同意展開這次尋寶大冒險。小夥伴們相繼聚到一起，將目標鎖定在加勒比海域一個名叫多摩斯的小島上。他們的旅程原本充滿樂趣，但是意外很快便發生。小夥伴們遭遇時空錯亂，陰差陽錯來到了17世紀。大雄被浪頭沖走，下落不明。哆啦A夢等人被一艘海盜船救下，卻弄丟了一次元空間袋。

海盜船船長吉德正準備前往金銀島尋找失蹤的哥哥和侄子。哆啦A夢他們隨船前往，殊不知更大的冒險即將到來……